孔府檔案是孔府留存下來的歷史資料，是研究孔府歷史的必備資料。它是中國規模最大的私家檔案，近一萬多卷，是孔府所藏的諸多文物瑰寶中最為重要的部分之一。檔案記錄起於明嘉靖元年（1522年），止於1948年，歷時四百餘年。孔府檔案內容豐富，以「天、地、玄、黃、宇、宙、洪、荒」八字編號，涵蓋孔氏家族、聖賢後裔、公府組織與職掌、廟戶佃戶及僕役、公府田產等方面的內容，對研究十六世紀以來中國政治、經濟、文化、軍事也有重要的參考價值。
孔子世家譜
孔子世家譜是記述孔氏家族世系的譜牒，是孔府檔案的重要組成部分。孔氏家族譜自宋朝元豐八年（1085年）始，由孔子第46代孫孔宗翰創修。此後六十年一大修，三十年一小修。凡男性孔氏族人不分地域、長幼均可入譜。宋代以後，孔氏支派繁多，孔子世家譜的規模愈大，但無論身居何處，只要續上家譜，天下孔姓便是一家人。孔子世家譜是世界上最悠久、最傳統、最完整的家譜。孔氏家族的輩份十分嚴格，取名字時必須嚴格遵守。
曲阜為孔子故里，孔子的後代在曲阜也最為集中。孔姓族人遍及曲阜的每一個村莊，以致有「無孔不成村」的說法。目前，曲阜的孔子後代有十五萬餘人，約佔當地總人口的四分之一。古代社會的孔門子弟多為仕人，族長衍聖公更為曲阜首長。歷史上也湧現出許多孔門名士，如戰國初期，孔子之孫孔伋是著名的思想家，孔子的思想就是由他傳給孟子的。西漢的孔安國、清代的孔尚任等皆是鼎鼎大名的學者。